10.00 请问如何将探针名转化为gene symbol

项目进度

  • 发布需求

    2017-12-07

  • 威客交稿

    2017-12-27

  • 雇主选稿

    2018-01-01

  • 公示期

    2018-01-01

  • 5

    评价

需求描述

下载了芯片注释文件,里面没有对应的gene symbol,竟然连GB、entrez gene id都没有了,只有下面几项,求问怎么样讲探针名转化为gene symbol,谢谢!

#ID = transc ript_cluster_id

#probeset_id = 

#seqname = 

#strand = 

#start = 

#stop = 

#total_probes = 

#gene_assignment = 

#mrna_assignment = 

#swissprot = 

#unigene = 

#GO_biological_process = 

#GO_cellular_component = 

#GO_molecular_function = 

#pathway = 

#protein_domains = 

#category = 

#locus type = 

#SPOT_ID = 


精准对接
一等奖

投稿人: xtzc8988753

您无权查看 !

投稿人: zhangbaso

我看到的列表里由unigene这个条目,先将probeID转换为unigene名称,然后在通过unigene转换为其他的ID,比如gene symbol 。

另外,可以通过您条目中的start,end,和chrome。构建bed文件,然后在gencode数据库下载注释文件,然后利用intersect命令得到自己想要的gene symboel信息。

希望能够帮助到您!由问题可以追问!

显示 1~2 项 共 2 个投稿

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