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  • 陕西省西安市临潼区
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  • TCGA 下载了 RNA Seq Level 3的数据,里面基因表达都用RSEM做了标准化,请问各位威客如何进行差异化基因的分析?
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  • 各位威客大神好,我要筛选差异表达基因,但以前没学过这些,是个新手。希望大家能帮我一下。我在geo数据库里Supplementary file下载的GSE41228_RAW.tar这样的数据,但开始要对预处理了,不知道该怎么弄预处理。有以下几个需求。第
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  • RNA-seq问题
  • 浙江省杭州市上城区
  • 20.00
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  • 各位大神好,我最近在做一些RNA-seq数据,链特异性文库,在比对的时候也加了相应的参数。比对之后samtools转换成排序后的bam文件。用Stringtie进行拼接,加了-e参数,即不拼接新的转录本,以及注释文件(gtf)。得到结果后大多数
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  • 请问大家用哪个软件可以做出这种火山图?如何根据差异蛋白fold change来标记不同颜色呢?
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  • 各位威客高手,帮忙看看:R语言在运行过程中出现null device 1代表什么意思,请高手指教
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  • 从TCGA上查询下载的数据,看不懂,如下图:有以下问题不确定:Sample的意思是什么样本得到的结果?Chromosome是说的第几条染色体突变?Start和End说的是突变的位置和范围?就算以上我都蒙对了的话Num_Probes和Segment_Mean实在是看不懂
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  • 各位生物威客大神,TCGA网页更新之后我就不太会用了,谁会给俺指导下?尤其是后面找到病例之后数据下载的部分。图文并茂最好!
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  • 最近导师给了一份RNA-seq的Excel表格,里面罗列了差异蛋白,挑选了log>1.5的基因后,需要通过分析这些基因找到可能的信号通路。我在KEGG上将这些基因挨个放进去搜pathway,但是表里有2000多个基因,感觉就像大海捞针一样。请问是
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  • RNAseq问题
  • 天津市和平区体育馆街道
  • 10.00
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  •   已结束
  • 各位高手好,本人在做RNAseq分析时,先通过tophat回帖基因组,然后再用cufflinks构建转录组,想问一下哪个文件里面包含有reads对转录组覆盖度,比如这个转录组有多少个reads覆盖。谢谢!
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  • 各位大神好,求指导,小弟刚刚接触生物信息学,在测序基础上,找到了上千条差异表达基因,下一步拟从众多差异表达基因中找到功能未知的基因进一步研究,不知道怎么找?求指点一二!
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  • 大概是这样:我打算让公司帮我构建一个慢病毒过表达载体,现在我要给他们提供CDS序列,但是我在NCBI搜的时候发现有4个XM序列,现在我就有点疑问,我该选择哪一个?最后还有一点就是NCBI搜基因,选择gene和nucleotide有什么区别
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  • 我想找hedgehog signaling pathway的各个蛋白成员应该通过什么方法?看文献找的话总是会缺漏,有没有一种系统解决方法?网站或软件。可以找到各种蛋白通路的。感谢!
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  • 求助,就是比如需找NF-kB的靶基因,可以根据一些软件找到能否结合的序列,然后改序列那些基因的转录起始位点的预测可以做么?
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  • 我用tcga的mirna数据筛选了几个mirna,做靶基因预测的时候发现了一些问题。比如mir-1-1,mir-1-2这种在targetscan无法预测靶基因,只能预测mir-1的靶基因。请问这种情况应该这么办呢。 那么我分析的时候,这两个mirna需要分开分析还是
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  • 各位大神好,请教下:下图中讲述通过GSEA富集分析后挑选Significant gene sets进行Cytoscape网络可视化,但是Cytoscape的使用需载入sif格式的文件,GSEA得到的结果是图片、总结表格,请问GSEA富集分析如何通过Cytoscape得到图2的图形?谢谢
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  • 有两个问题:一是在GENCODE的基因注释文件中,我发现有些基因在旧的版本中出现,而在新的版本中被移除了,这是为什么呢?二是有些新版本的基因数比旧版本略少,这是什么原因呢?谢谢!
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  • 求翻译,生物信息学方面lthough the authors improved the content and quality of the manusc ript, th ANOVA table is not presented yet. Since the authors conducted all experiments three times; this means , you have Experiment and Threatments are the main effects. Therefore, you will have Expe
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  • 有一篇文章要用箱式图,数据是很简单的有sex hb bt三列数据,bt与sex是二分类变量,但在做两因子的箱式图时发现了X轴有问题,代码如下:rt=read.table("hb sex.txt",header = TRUE)rt$sex.f=factor(rt$sex,levels=c(0,1),labels=("male","female"))rt$bt.f=factor
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  • 如题,我进行了蛋白序列比对。看不懂这个图,还有就是我怎么看氨基酸保守序列有哪些。
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显示 1~20 项 共 121 个需求
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