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  • GEO数据下载问题
  • 广东省广州市萝岗区
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  • 如果找到一个GEO数据信息,发现做了5种肿瘤的信息,包括乳腺癌,肺癌,前列腺癌等,我可以下载下来之后,从excel里只提取其中一种肿瘤下的数据集分析吗?每种肿瘤样本都做的有不同条件下的对照组和实验组。
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  • 分析的样本有分为癌症组和对照组,经过预处理后,画出了这样的图形,为啥两组会聚到一块呢?生信小白一枚,请教各位大神~样本是共有8个病人,分别取得肿瘤组织和癌旁组织,这个画出这样的图,是我的分析问题还是样本
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  • 小鼠皮肤做流式,需要破膜,因为约做流式的时间不固定,但是我们小鼠做放疗以后的3 7 10天必须处理皮肤组织,可是流式仪不一定约的到,是到那一天把皮肤组织先用多聚甲醛固定好,还是直接处理皮肤样本,将表面抗原标记
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  • 我最近在做某肿瘤和正常组织间的变异,如果我选了一个STR基因座上的一个单等位基因,计算出它们各自的频率,请问我应该选什么统计方法计算两组频率有没有差异以及选用这种统计方法的理由!
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  • 请问怎么从GEO数据库获取的GPL基因注释文件中提取lncRNA的部分呢?尝试从GENCODE网站下载全部lncRNA的信息用ensembl号进行对应,但能筛选出的lncRNA很少且不全,请问各位大神,有什么其他办法能筛选出lncRNA呢?还是利用ensembl号对应
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  • Table 1 Four lncRNAs were significantly associated with the CC survival in the test data set:Gnene symbole Coefficient Hazard ratio P value cox P value permutationAATBC 0.7521141 0.471369 6.69E-04 0.0004NCK1-AS1 1.0531199 2.8665807 3.25E-05
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  • 我想请教一下数据该怎么进行分析,我的实验分组是4个分组,分别为对照组,对照+刺激组,损伤组,损伤+刺激组,每组三个样本进行了质谱分析,现在想分析表达量有差异的蛋白,想我这样的情况该怎么分析,如何利用我的对
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  • 我们研究转座子,如HERV,用临床标本进行RNA-seq,再经过分析后发现,HERVK-int表达是有差异的,但是这个命名与常见命名(ERVK-1,ERVK3-1等)不一样,请问是为什么??能否找出HERVK-int的碱基序列呢?
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  • 求助一下大家转录组测序结果是不是都需要经过RT-PCR进行验证才能进行数据分析,或者只是为了加强转录组测序结果的可靠性?
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  • SEER数据库求助
  • 广东省广州市越秀区
  • 10.00
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  • 530人参与 | 2人投稿
  •   已结束
  • 最近看到一篇发表在JAMA Oncology上的文章,作者通过挖掘SEER数据库研究了初次诊断为乳腺癌脑转移的发病率和预后。我想把这种思路用在另外一种癌的肝转移上,在导出SEER数据的时候遇到了困难。我应该如何操作才能导出患者肿
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  • 有两个问题,1. DAVID分析用Gene ID Conversion Tool将基因名字转变成DAVID ID是我输入了150个基因,为什么转换后只有146个ID?2.为什么在Functional Annotation Chart里面有一些基因are not in the output呢?望大侠不吝指教!
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  • 想通过生物信息学预测lncRNA与靶基因的相关性,看一下是正调节还是负调节,请有关这方面的专家帮助一下。谢谢
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  • 已知一个酶的DNA序列想要知道一个酶的蛋白质结构和功能,对这个酶过表达其中的一段是不是对产量增加有意义?对DNA和酶的方面一点都不懂,想要知道从哪里入手,用什么软件进行分析。
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  • 请问一下,TCGA在Visualize Your Data 一栏中如何展示自己的数据?我发现请问一下,Visualize Your Data 基因突变类型只有CNV,infr ame,missense mutation,没有fr ameshift indel,splicing site?怎么显示fr ameshift indel, splicing site?而本身TCGA数据库自己的
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  • 最近学习R语言,想利用癌和癌旁的差异基因画热图。目前只会用EXCEL筛选出GEO芯片的上调和下调基因,可是做不出矩阵。学生最近一段时间再网上学习了R语言相关知识,看了一些视频,想利用R语言来做差异基因的矩阵并画出热图
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  • 我用tcga的mirna数据筛选了几个mirna,做靶基因预测的时候发现了一些问题。比如mir-1-1,mir-1-2这种在targetscan无法预测靶基因,只能预测mir-1的靶基因。请问这种情况应该这么办呢。 那么我分析的时候,这两个mirna需要分开分析还是
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